وتنقسم المرحلة الثالثة لمترو الأنفاق فى الخط الثالث إلى تفريعتين يبتديان من محطة الكيت كات بكورنيش النيل، حيث تتجهة تفريعة إلى اتجاه الطريق الدائرى مرورا فى مناطق امبابة والقومية وتنتهى بمحور روض الفرج "الضبعة"، أما التفريعة الأخرى فتبدأ من الكيت كات وتتجه نحو شارع جامعة الدول العربية مرورا بشارعى السودان ووادى النيل وتنتهى بمحطة جامعة القاهرة ليتقاطع الخط الثالث مرة أخرة مع الخط الثانى للمترو.
ومن المقرر أن يتم افتتاح محطات التفريعة الأولى أولا – المتجهة للدائرى – وذلك فى الربع الأخير من العام الجارى 2023، وبعد ذلك يتم افتتاح محطات التفريعة الأولى تباعا.
وتشمل محطات التفريعة الأولى “3”B:، 6 محطات بطول 6.6 كم وتبدأ من محطة الكيت كات حتى المحطة النهائية عند محور روض الفرج، وتضم "محطة نفقية ( السودان )، و4 محطات علوية ( إمبابة - البوهى – القومية العربية – الطريق الدائري) ومحطة سطحية ( المحطة النهائية عند محور روض الفرج ) "
أما محطات التفريعة الثانية " 3C:"، تشمل 5 محطات تمتد بطول 7.1 كم من محطة الكيت كات حتى جامعة القاهـرة وتضم " 3 محطات نفقية (التوفيقية – وادى النيل – جامعة الدول )، ومحطة سطحية ( بولاق الدكرور)، ومحطة علوية ( جامعة القاهرة ) وهى النهائية ويلتقى فيها المترو بالخط الثانى للمترو.
وهذة المرحلة بها محطات تبادلية مع عدد من وسائل النقل منها محطة وادى النيل وهى محطة تبادلية مع مونوريل 6 أكتوبر والجرى تنفيذه من المنطقة الصناعية بأكتوبر الجديدة حتى المهندسين، بالإضافة إلى قرب محطة وادى النيل مع محطة قطارات الصعيد بالسكة الحديد وتربط معها بأنفاق.
كما تربط هذه المرحلة مع محطات الأتوبيس الترددى، المقرر تشغيله على الطريق الدائرى وذلك فى محطةى الطريق الدائرى، بالإضافة إلى الربط أيضا مع محور روض الفرج، والربط مع الخط الثانى للمترو فى محطة جامعة القاهرة، وهى محطة ثانية للربط بالخط الثانى بعد محطة العتبة.
ويمتد الخط الثالث للمترو بطول 41.2 كم و34 محطة من محطة عدلى منصور المركزية بشرق القاهرة مروراً بشارع جسر السويس ومصر الجديدة ومنطقة وسط البلد ثم يعبر أسفل النيل تحت جزيرة الزمالك حتى الكيت كات ثم يتفرع شمالاً إلى إمبابة وجنوباً إلى المهندسين وصولاً لجامعة القاهرة .
