أما ثانى الجرائم التى رصدها لحركة حماس، تسوية الحركة حساباتها مع معارضيها، إذ قال التقرير إن الأشخاص الذين عُذبوا "أعضاء في حركة فتح"، التى تعتبرها حماس خصم سياسى لها، وأشار التقرير، إلى أنه من المفجع أنه في وقت كانت تقتل فيه إسرائيل المدنيين بأعداد كبيرة، كانت حماس تنتهز الفرصة لتسوية حساباتها مع المعارضين.
وفي تقريرها، وصفت المنظمة عدد الحالات التي عُذب وقتل فيها فلسطينيون على يد عناصر حماس، بتهمة مساعدة إسرائيل بأنها طرق "تقشعر له الأبدان، إذ منحت إدارة حماس قواتها الأمنية يدا مطلقة لممارسة انتهاكات مروعة ضد الفلسطينيين، وأن بعض هذه الانتهاكات يرقى لجرائم الحرب بهدف نشر الخوف فى قطاع غزة .
