بدأ أيمن أشرف مسيرته الكروية مع النادى الأهلي، فهو أحد ناشئى الفريق، حيث كانت أول مباراة له بالقميص الأحمر أمام اتحاد الشرطة عندما رحل جيلبيرتو عن الفريق، كما شارك أيضًا فى مباراة الأهلي والزمالك موسم 2010 في اللقاء الذي انتهى بالتعادل الإيجابي بثلاثة أهداف لكل منهما.
لعب ايمن أشرف لثلاثة أندية عبر مسيرته مع الساحرة المستديرة، بدأها بين ناشئى النادى الأهلى، قبل أن ينتقل إلى بنى سويف ثم إلى سموحة، قبل أن يعود إلى بيته بالقلعة الحمراء موسم 2017 / 2018، ليبدأ مسيرة جديدة مع الفريق.
لعب أيمن أشرف فى غير مركزه لموسم كامل وتألق بمركز المدافع موسم 2017 عندما تولى حسام البدرى قيادة الفريق الأحمر ليوظفه فى قلب الدفاع بعد الإصابات التى عصفت بمدافعى الفريق، وتألق أشرف وثبت أقدامه فى هذا المركز، وعندما كان يحتاجه الأهلى فى مركزه الأساسى كظهير أيسر كان يؤدى على النحو المطلوب أيضاً.
وكان أيمن أشرف من القطع الأساسية للسويسري رينيه فايلر المدير الفني الاسبق للأهلى لأنه يمتاز بإخراج الكرة بسهولة ودقة عالية من الخط الدفاعي، وقدرته أيضاً على اللعب بأكثر من مركز، واستخدم فايلر أيمن أشرف في قلب الدفاع والجبهة اليسرى واختاره على حساب التونسي علي معلول في بعض المباريات المهمة مثل موقعة الهلال السودانى بدوري الابطال الأفريقي.
ولم يختلف الحال مع قدوم الجنوب أفريقى بيتسو موسيمانى المدير الفني السابق للأهلى الذى إعتمد على الجوكر أيمن أشرف بصفة أساسية ، ولكن مع قدوم السويسرى مارسيل كولر المدير الفني الحالي للأهلى تبدلت الصورة تماماً فلم يظهر أيمن أشرف في أي مباراة رسمية مع الفريق حتى الان وبات خارج الصورة تماماً.
وإجمالا شارك أيمن أشرف في 215 مباراة مع الأهلى بإجمالى 16907 دقائق لعب سجل خلالها 5 أهداف وصنع أربعة وتلقى 49 كارت أصفر بجانب بطاقتين حمراء.
وتوج أيمن أشرف مع الاهلى بـ15 بطولة بواقع خمسة ألقاب للدوري، بجانب دوري الأبطال الأفريقى ثلاثة مرات، وكأس السوبر الأفريقى مرتين، وكأس مصر مرتين، وكأس السوبر المحلى ثلاث مرات، بجانب التتويج ببرونزية كأس العالم للأندية مرتين.
