وبدأت مشاركة الزمالك في بطولة كأس الكونفدرالية الأفريقية عام 2015 ، وقدم مستوى جيد صعد به إلى نصف النهائي ولكن التوفيق لم يحالفه حتى النهاية،بعد خروجه على يد النجم الساحلى التونسي حيث خسر في مباراة الذهاب بنتيجة خمسة أهداف مقابل هدف، وفي الإياب انتصر بثلاثية نظيفة، ولكنها لم تكن كافية للتأهل إلى النهائي.
2018.. صدمة الخروج المبكر على يد ويلايتا ديشا الإثيوبي
وكانت الصدمة الكبرى للزمالك في تاريخ مشاركاته في الكونفدرالية للمرة الثانية،الخروج من الدور الأول على يد ويلايتا ديشا الإثيوبي موسم 2018 وقت أن كان إيهاب جلال مديراً فنياً للفريق الأبيض حيث خسر في الذهاب 2-1، وانتصر في الإياب بنفس النتيجة، لكنه خسر بركلات الترجيح 4-3.
2019.. أول تتويج في تاريخ الزمالك بالكونفدرالية
وشهد عام 2019، مشاركة الزمالك في الكونفدرالية للمرة الثالثة، ونجح في تحقيق اللقب على حساب نهضة بركان، حيث خسر في الذهاب بهدف نظيف، ثم انتصر في الإياب بنفس النتيجة، ليحسم لقب البطولة بركلات الترجيح بنتيجة 5-3.
2024.. الأبيض يستعيد أمجاده القارية بعد 4 سنوات
وفى موسم 2024 استعاد الزمالك التتويج القارى، بعد غياب 4 سنوات،وبالتحديد عام 2019 الذى فاز فيه الفريق الأبيض بلقب الكونفدرالية الأفريقية لأول مرة في تاريخه والمفارقة العجيبة أنها كانت على حساب ذات الفريق (نهضة بركان المغربى).
2025.. أداء قوي ونهاية غير سعيدة أمام ستيلينبوش
في موسم 2025 تأهل الزمالك لدور الثمانية بعدما تصدر المجموعة الرابعة، برصيد 14 نقطة بعدما خاض 6 لقاءات، فاز في 4، وتعادل في مبارتين، ولم يخسر في أي مباراة.
بدأ الزمالك مشواره في دور المجموعات بالفوز على بلاك بولز الموزمبيقى 2-1،وتعادل مع إنيمبا النيجيري 2-2 في الجولة الثانية،وفاز على المصري 1-0 في الجولة الثالثة وتعادل سلبياً مع الفريق البورسعيدى في الجولة الرابعة وفاز على بلاك بولز وإنيمبا في الجولتين الخامسة والسادسة بذات النتيجة 3-1، ثم تعادل سلبياً مع ستيلينبوش الجنوب أفريقي في ذهاب ربع نهائي الكونفدرالية قبل أن يخسر بهدف نظيف في الإياب ويودع البطولة.
