ورتّب القانون على مخالفة هذه الأحكام عقوبات رادعة شملت الحبس والغرامة التي تصل إلى خمسين ألف جنيه، مع تشديد العقوبة في حال التكرار.
وضمن قانون الموارد المائية والري حظراً صريحاً على الأفراد والجهات، سواء كانت حكومية أو غير حكومية أو شخصيات اعتبارية أو طبيعية، بمنع إقامة أي منشآت أو أعمال تهدف لحجز مياه الأمطار والسيول الجارية في الأودية الطبيعية، أو أي أعمال تؤدي لتصريفها أو تحويلها عن مسارها الطبيعي، إلا بعد الحصول على ترخيص من الوزارة المختصة وفقاً لضوابط وشروط اللائحة التنفيذية.
وأقر القانون عقوبة للمخالفين بالحبس لمدة لا تتجاوز السنة، وبغرامة مالية تتراوح بين عشرة آلاف جنيه وخمسين ألف جنيه، أو بإحدى هاتين العقوبتين، مع مضاعفة العقوبة في حال تكرار المخالفة.
يُذكر أن اللائحة التنفيذية للقانون اشتملت على الأحكام المنظمة للموارد المائية والأملاك العامة وما يرتبط بها من أعمال، موضحةً الإجراءات والمستندات اللازمة لاستخراج تراخيص الأنشطة داخل نطاق الأملاك العامة.
