ارتبطت إدارة جماعة الإخوان الإرهابية على مدار عقود بصورة التنظيم الهرمي المغلق، يديره مركز قيادة واحد يمكن تتبع مساراته بسهولة، لكن لم تعد هذه الصورة موجودة اليوم، حيث تحولت لشبكات متداخلة ومراكز نفوذ مختلفة، حيث تتوزع المهام بين قيادات تدير المشهد من الخارج