من أكثر الشراكات الاستراتيجية، التي عقدها برنامج الغذاء العالمي، شراكته مع الحكومة المصرية، التي تدعم تمويل أنشطة البرنامج وتنفيذها، وقد أبرم البرنامج عددا من الاتفاقات للتعاون مع الهيئات الحكومية الرئيسية