منذ التأسيس الأول على يد حسن البنا ووصولا إلى الفكر القطبي الذي يسري في عروق قيادات الميليشيات، ظلت المؤسسة العسكرية المصرية تمثل المعضلة الكبرى والكابوس الأزلي لمشروع الإخوان.