نعى فضيلة الإمام الاكبر الدكتور أحمد الطيب، شيخ الأزهر الشريف الدكتور الراحل محمود حمدى زقزوق وزير الأوقاف الأسبق قائلا: "فقد الأزهر اليوم وجامعات العالم كلها اليوم عالمًا ومفكرًا إسلاميًّا كبيرًا أثرى المكتبة العلمية بمؤلفاته القيِّمة التى طالما تغذت عليها عقول الباحثين وأقلامهم في الشرق والغرب، وقد ترك مسيرة علمية وعملية سيذكرها التاريخ بكل فخر، بدأها في معهد أزهرى ثم جامعة الأزهر وجامعات أوروبا وختمها عضوًا فى هيئة كبار العلماء ومفكرًا ملأ الدنيا بفكره وعلمه.
وتابع شيخ الأزهر:"لله وللتاريخ أشهد أنك كنت الإنسان المترفع عن كل الصغائر، والعالم الكبير الشديد التواضع، وجميعُ المناصب العلمية والرسمية التي تقلدتها هي التي سعت إليك، وأُشهد الله أنك لم تسعَ إليها، وكنت مدرسةً في العلم والخلق الرفيع والإنسانية العليا يندر تكرارها في هذا الزمان، فوداعًا أيها الأستاذ الكبير محمود حمدي زقزوق، المفكر الزاهد، والفيلسوف الفقيه، والعالم العابد.
وكان الأزهر قد نعى الفيلسوف محمود حمدي زقزوق عضو هيئة كبار العلماء، مؤكدًا أن التاريخ سيظل يذكر فقيد الأزهر والأمة العربية والإسلامية بعلمه وفكره الوسطي ومؤلفاته التى أثرى بها المكتبة العربية والإسلامية.