يظل العنف الممنهج، واستخدام السلاح، وارتباط بعض أجنحة جماعة الإخوان الإرهابية بالعمل السري، من أبرز الملفات التي أثارت الجدل خلال تاريخ الجماعة الممتد عبر عقود، حيث ظهرت أجيال متعاقبة ارتبطت بقضايا تنظيمية وأمنية مختلفة.